Le cose procedono senza scossoni per qualche decennio e solamente nei primi anni del dopoguerra, con l'avvento della cosiddetta "era industriale", si presentano i primi problemi. Gli scarti dei processi di lavorazione aumentano vertiginosamente e si rompe quel ciclo che aveva tenuto nei secoli. La pratica del riutilizzo non può più essere garantita dai singoli che non riescono più a gestire il rifiuto da loro prodotto. Per le autorità del Titano si fa sempre più pressante il problema dello smaltimento.
Nel giugno del 1954, come prima risposta, viene istituito il primo centro di raccolta e smaltimento di immondizie per le zone di Serravalle e Dogana. Si tratta di una discarica a cielo aperto che viene collocata nel terreno di proprietà di Marino Arzilli, in un'aera attigua al fosso di Ca' Vir. Qualche anno dopo lo stesso problema si presenta in altri castelli, come Città, Borgo Maggiore e Fiorentino. I rifiuti prodotti in queste zone fino a questo momento vengono smaltiti in luoghi non precisati, almeno non dalla legge. Le aree destinate allo scarico sono diverse e non previste da atti formali; il rifiuto viene cioè conferito in zone adibite a discarica per comune consenso della comunità e per tacito assenso delle Autorità Governative. Per evitare che lo smaltimento possa avvenire senza un rigido controllo si decide di realizzare la discarica in località Chiusa di San Giovanni.
Il 28 giugno del 1960 i Capitani Reggenti Alvaro Casali e Gino Vannucci emettono il Decreto n.13 nel quale si stabilisce che "a decorrere dal 1° luglio 1960 il pubblico scarico delle immondizie e di tutti i rifiuti solidi, pubblici e privati, per i Castelli di Città, Borgo e Fiorentino viene effettuato in località Chiusa di San Giovanni in zone delimitate da appositi cartelli indicatori".
Da quella data tutti gli scarichi fatti in qualsiasi altra località e non preventivamente autorizzati vengono considerati abusivi. Per i responsabili si prevede una sanzione pecuniaria che va da 5.000 a 30.000 lire.
Nel 1963 un analogo Decreto apre la discarica di San Giovanni anche ai rifiuti che provengono da Serravalle, Domagnano e Dogana. Una disposizione resasi necessaria a causa della saturazione della discarica di Ca' Vir.
Agli inizi degli anni '70, vista la crescita di rifiuto prodotto, si ritiene di ampliare il numero degli addetti alla pulizia ed alla raccolta dei rifiuti che diventano in totale 41 (25 netturbini, 12 addetti e 4 autisti). È in questo periodo che si introduce, per la prima volta, l'uso obbligatorio dei "sacchi neri", sacchetti in polietilene nei quali i sammarinesi iniziano a stipare la loro immondizia per conferirla poi in luoghi prestabiliti, ai margini della strada.
L'uso del sacchetto, oltre ad assicurare migliori condizioni igieniche, aumenta anche la praticità della raccolta da parte degli operatori ecologici e facilita il trasporto. L'articolo 3 dell'ordinanza pubblicata il 13 giugno 1975 stabilisce che "nel periodo che va dal 15 marzo al 15 ottobre i sacchi dei rifiuti dovranno essere esposti non prima delle 22 e non dopo le ore 7.30; nel restante periodo dell'anno non prima delle ore 20.00 e non dopo delle ore 8".
Nel 1976 però, dopo aver garantito lo smaltimento dei rifiuti per 16 anni, la discarica di San Giovanni arriva ad esaurimento e si rende necessario procedere alla sua chiusura. Lo stabilisce un apposito decreto, emanato il 25 maggio del 1976, che consente di conferire in discarica solamente materiali terrosi, ghiaiosi o scarti di demolizione, per procedere al risanamento graduale dell'area. Da quel momento i rifiuti sammarinesi vengono conferiti fuori territorio (discarica di Cà Baldacci - Inceneritore di Coriano).
Il 1981, come abbiamo visto, vede il passaggio del servizio igiene urbana dall'ISS alla neonata Azienda dei Servizi che, poco dopo averne preso carico, mette in atto già una sua riorganizzazione. Il primo passo, nel 1982, è costituito dalla ristrutturazione del capannone già esistente a San Giovanni. I locali in cui lavoravano gli addetti del servizio e a cui si rivolgevano gli utenti, non erano più in condizioni idonee al compito; di qui la decisione di finanziare un intervento di adeguamento.
È praticamente il primo atto di una ristrutturazione generale del servizio. In poco tempo si passa, infatti, dal conferimento di rifiuti in sacchi depositati davanti alle case all'istituzione dei cassonetti. Il servizio di raccolta viene poi esteso anche alle zone fino a quel momento non servite, per le quali si era anche prevista l'esenzione dal pagamento della nuova tassa sui rifiuti. I mezzi di raccolta vengono rinnovati, si introduce la raccolta differenziata del vetro, poi della carta, dei medicinali scaduti, delle pile esauste.
Recentemente si è arrivati alle isole ecologiche, dove gli utenti possono conferire con maggiore comodità rifiuti già divisi per tipologia.
Una piccola crisi nel sistema di smaltimento si è verificata nel 1994 a causa di carenze ricettive dell'impianto di incenerimento di Coriano. Una situazione che, di fatto, ha causato l'accumulo di immondizie temporaneamente ammassate nell'area della Baldasserona dove venivano stoccate in appositi container. In quel periodo viene firmato l'accordo internazionale fra la Repubblica di San Marino e la Repubblica Italiana. Porta la data del 16 Marzo 1994 e definisce i termini della cooperazione nel campo della protezione dell'ambiente. A seguito di questo accordo nasce un'intesa con la Regione Emilia Romagna per l'utilizzo di impianti situati nel territorio regionale per lo smaltimento dei rifiuti solidi urbani prodotti dalla Repubblica di San Marino. Un'intesa che sarà vigente fino al 2010. Sempre in quegli anni, si fa attiva la collaborazione fra pubblico e privato nel settore della raccolta e smaltimento dei rifiuti. Nel 1996 la società SEA si aggiudica l'appalto per il trasporto e lo smaltimento del rifiuto prodotto da San Marino, che viene conferito in una discarica di Imola; l'anno successivo la SEA si aggiudica il servizio di raccolta, trasporto e smaltimento dei rifiuti che, a seguito dell'accordo raggiunto con la Regione Emilia Romagna, viene effettuato a Sogliano sul Rubicone.
Il problema del trasporto rifiuti ha ancora qualche complicazione: considerati i problemi verificatisi nel sistema di raccolta dai cassonetti, l'Azienda decide di riacquistare i mezzi che aveva da poco venduto alla SEA, per eseguire in proprio il servizio di raccolta; i rifiuti però non possono viaggiare su mezzi privi di un'autorizzazione che San Marino non può ancora ottenere e la quantità rende dispendioso il conferimento in discarica di ogni singolo carico. Si decide allora di procedere alle operazioni di travaso: le immondizie raccolte vengono trasferite in container, trasportate da mezzi idonei. Il trasbordo avveniva dapprima a cielo aperto, con l'uso di una apposita macchina escavatrice; successivamente è stato costruito un capannone prefabbricato provvisorio, per procedere alle operazioni di carico al coperto. Nel 1996 è stato poi autorizzata la costruzione del Centro di Multiraccolta dove avvengono oggi tutte le operazioni necessarie.
Scaduto nel 2000 il contratto con la ditta SEA, si è proceduto ad un nuovo appalto, per il solo caricamento e trasporto, eseguito sempre dalla SEA. Il rapporto con la discarica di Sogliano è gestito invece direttamente dall'AASS.